La Fédération nationale de l'aviation marchande (FNAM) a protesté « contre l'EcoComparateur de la SNCF et la campagne de communication qui l'entoure ». Selon elle, « l'ADEME se fait caution de la SNCF pour faire de la discrimination commerciale. » « Cette campagne fallacieuse et déplacée", qui "tente de disqualifier l'avion sur des considérations environnementales erronées [...] est inacceptable ». Pour cet organisme, la SNCF « se fait juge et partie en mettant ce comparateur sur un site qui propose justement des billets de train et des billets d'avion ».